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HP と Twitter を補完するとともに、互いの密接な連携を図るため、本ブログを開設した。三位一体を目指す。情報提供、広報活動、教育・啓蒙活動の一環として、肩の力を抜き、冗長性を廃し、簡にして要を得た文章を書くよう心がける。
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VESTA の講習会、Eコースの実習内容
10月23日(火)・24日(水)に JFCC で開催される第25回 ナノ構造研究所 材料計算セミナー、Eコースの実習・実演内容(今後、変更・追加の予定)は以下の通り。
  1. 64ビット Windows 用 RIETAN-FP・VENUS システムと外部プログラムをインストールし、秀丸エディタに RIETAN-FP・VENUS 統合支援環境を導入し、それらの概要を説明する。
  2. 高温超伝導体 YBa2Cu4O8 の CIF を VESTA で入力し、結晶データを標準化した後、「Utilities > Powder Diffraction Pattern」を選んで RIETAN-FP により粉末X線回折パターンをプロットする。
  3. RIETAN-FP が確実に読み込める CIF を VESTA で複数出力し、cif2ins と combins の連携プレーにより多相リートベルト解析用入力ファイルを作成する。
  4. VESTA が出力する最新ルールに則った CIF を ListReplace マクロによって MedeA が読み込める旧フォーマットの CIF に変換する。
  5. リートベルト解析後に ORFFE を2回実行して生成した hoge.ffe を VESTA で入力し、リスト中の結合距離と結合角を選択して結晶模型中の該当部分が選択状態になることを確認する。
  6. リートベルト解析途上の結晶データを含む VESTA 形式のファイル hoge.vesta を逐次生成する。
  7. チャージフリッピング、最大エントロピー法、イオン拡散経路の可視化などで必要となる a, b, c 軸方向に沿った単位胞の分割数を VESTA により分解能から決定する。
  8. RIETAN-FP、PyAbstantia、VESTA の連携によりイオン伝導体における可動化学種の拡散経路を BVS・BVEL 法で可視化する(Pythonnumpy をインストールした人を対象とする実習)。
  9. RIETAN-FP, Superflip, EDMA, VESTA の連携プレーにより結晶構造モデルを構築し可視化する。
  10. RIETAN-FP により Cimetidine の放射光粉末回折データをリートベルト法で解析する。さらに Dysnomia と RIETAN-FP の連携により coarse-to-fine アルゴリズムを採用した拡張 MPF を実行し、得られた電子密度分布を VESTA で表示する。
  11. DV-Xα分子軌道法により cimetidine の電子密度と静電ポテンシャルを計算し、静電ポテンシャルで彩色した電子密度の等値曲面を VESTA で表示した後、MPF で求めたイメージと比較する(実演のみ)。
  12. cif2pdf と E2J で解析結果を PDF ファイルとして文書化する際に VESTA で作成した結晶模型と電子密度の等値曲面を含める(実演のみ)。
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